- 1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
- 被譽為魔界天才的威茲曼沒有被選上參加王者決鬥而憤恨不平，偷走了第101本「白色的魔書」並來到人間界找賈修報復，原本計畫到某個地方做暑期渡假的清人，桑比姆，福爾高雷，小惠一行人遇到了少女琴羽，琴羽撿到了一本白色書本，清人與賈修在白色書本的引導之下被引入魔界，經過一連串調查之後在那裡得知真相，並亟欲趕回人間界。另一方面，威茲…
- 看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤， 缅因猫兽再度开始暴走。 “不能让你诞生在世上…” 从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙—— 西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。 保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切…
- 缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比…
- 世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 加布兽的话给大和带来了活力…
- 太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。 为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫…