加州海岸一直都存在着两只巨大史前海洋生物，他们为了取得海洋的霸主地位而争斗了数百年，直到有一天他们被冰河所冻结。近年来，随着气温的升高，这两只史前生物又复活了，他们在海洋中依然为所欲为，人类的生存受到了威胁，人类必须要解决这样的危机，一场人与史前生物的惨烈争斗开始了。

棒球巨星佐藤建回到家乡日本，接手成为超级英雄奥特曼，担当保卫地球的任务，却很快就发现工作不如想像中简单，因为他被迫抚养头号大敌留下的孩子。