耿长军是中日混血儿，父亲是中国哈尔滨人，母亲是日本长崎人。
耿长军虽然出生成长在长崎，但父亲从小就教他学习中文。2000年，20岁的他离家外闯来到北京，在接受短暂的语言训练后，意外地考取了上海戏剧学院表演系，毕业后开始进入演艺圈发展。
2002年，耿长军因参演由杨阳执导的历史剧《记忆的证明》而开始踏入演艺圈。
2006年，耿长军参与拍摄由张黎执导的历史题材电视剧《大明王朝1566嘉靖与海瑞》，在剧中饰演井上十四郎，该剧获得第26届中国电视剧飞天奖三等奖。
2007年6月，耿长军再次参演由张黎执导的人文年代剧《中国往事》，并在剧中饰演家丁常泰；同年10月，耿长军凭着由陆川执导的历史题材电影《南京！南京！》中饰演的一个小角色日本兵东口突围而出。
2008年，耿长军与王宝强、张国强联袂主演抗战剧《我的兄弟叫顺溜》，并在剧中饰演日军少佐阪田。
2009年，耿长军出演了喜剧电影《云下的日子》；之后，耿长军做客由李咏主持的央视综艺频道访谈节目《咏乐汇》；同年，耿长军与文章合作主演了抗战剧《雪豹》，他在剧中饰演重视友情高于生命的日本留学生兼军人竹下俊。
2010年，耿长军在以洛阳牡丹和牡丹文化为背景的电影《甲天下》中饰演日本商人山田英男；之后，耿长军还出演了由成龙自编自导自演的动作冒险类电影《十二生肖》，在片中饰演反派角色海盗王；同年，耿长军除了出演抗战片《虎头要塞之最后决战》之外，又出演了两部抗战剧《远去的飞鹰》和《黑狐》，同样都扮演日本军官这一角色。
2011年，耿长军与黄渤、高虎搭档主演了抗战剧《民兵葛二蛋》，在剧中饰演日本军官吉田；同年，耿长军在抗战剧《上阵父子兵》中饰演日本军官岩谷川。
2012年，耿长军作为嘉宾亮相香港粤语访谈节目《娱乐审死官》，在节目中吐露心扉表示希望减少饰演日本角色；同年，耿长军出演了抗战历史剧《独狼》。
2013年，耿长军参演由郭宝昌执导的中医题材年代剧《翻手为云覆手雨》。
2014年，耿长军主演的民族励志传奇抗战剧《冒牌英雄》上星播出，他在剧中出演一个外表儒雅，内心却十分狂热的战争狂人日军安南县最高军事指挥官武田弘毅。
2015年，耿长军参演的悬疑谍战剧《猜拳》在央视八套播出，他脱离了日本军人的角色，在剧中饰演国军司令部派驻103师代表。
2016年7月，耿长军参演的战争片《终极胜利》上映，他在片中饰演集中营司令官仓田健二；同时，耿长军参演的喜剧动作片《快手枪手快枪手》上映；12月，耿长军参演的动作喜剧电影《铁道飞虎》上映，他在片中饰演日军业余翻译官坂本。
2017年2月，耿长军与吴启华、徐冬冬等联袂主演悬疑惊悚片《魂归何处》；7月，耿长军参演的历史题材影片《明月几时有》上映。
2019年8月22日，参演的电影《鼠胆英雄》上映。
不论是电视剧《雪豹》中的竹下俊，还是《我的兄弟叫顺溜》剧中的坂田，耿长军在多部影视作品中用精湛的演技将并不讨巧的日本军官形象赋予人性的诠释，体现出了作为一个人的多样性，避免了以往同类角色的脸谱化。
耿长军在《冒牌英雄》中倾情出演日军军事指挥官武田弘毅，这个人物外表虽看似十分儒雅、内敛，实则内心却充满了狂热与躁动。他通过对人物性格、特征、本质的理解以及对情感及精神层面的精准分析，精彩地塑造了这个内心纠结、性格多元化的战争狂人，以及入木三分的表现更是让这个人物充满了无穷的生命力，他以精湛的演技获得了社会各界的赞誉和追捧。
