龚慈恩丈夫是中国台湾演员林炜，育有一子一女。
龚慈恩生于1963年9月17日，父母都是基督教徒，她的名字取自基督教教义中慈悲恩典的含义。龚慈恩的父亲是会计师，母亲在电视台做幕后工作，她是家中独生女，从小就喜爱歌舞。中学毕业后，龚慈恩在一家琴行当了一名钢琴教师。恰好香港电台电视部的一个少儿节目《香蕉船》招考主持人，龚慈恩的老板力荐她参选，一举中标，龚慈恩由此踏入娱乐圈。
1984年，龚慈恩报考无线第一期艺员进修班，成为旗下艺员。
1984年，龚慈恩参演汪明荃主演的电视剧《秋瑾》，饰演秋瑾的同学；同年在苗侨伟、翁美玲主演的古装武侠电视剧《楚留香之蝙蝠传奇》中饰演华真真。
1985年5月，与周润发、关礼杰一起出演《大香港》，饰演女主角舒薇；同年9月，参演TVB台庆剧《杨家将》饰演杨四娘。
1988年，参演电视《飞虎群英》，饰演从大陆偷渡到香港的舞女艾丽塔，与关礼杰饰演的黑帮大哥刘传亨有感情戏。
1990年，龚慈恩赴中国长春拍摄金庸武侠剧《雪山飞狐》，一人分饰程灵素和冰雪儿两个角色。
1995年，龚慈恩应邀赴马来西亚拍剧，主演《蒲公英》、《最爱是谁》和《豪门劫》等电视剧。
1996年，参演张卫健版《西游记》饰演观音。
1997年，龚慈恩接拍亚视武侠剧《雪花神剑》，饰演聂小凤。
2010年2月，参演的情景喜剧电视剧《跟红顶白大三元》在江苏综艺频道开播，饰演马玲珑。
2012年初，客串邵氏贺岁片《2012我爱香港喜上加囍》；同年，加盟王维基的香港电视HKTV。
2016年，参演电视剧《我的1997》，饰演李太太。
2020年，参演的TVB民初家族剧《大酱园》开播，龚慈恩饰演万家大太太席德容。
从《雪山飞狐》深情不悔的“程灵素”，到《雪花神剑》里惹人怜的“聂小凤”，在20世纪90年代龚慈恩是一代人的梦中情人；龚慈恩外形娇媚、性格柔顺，她在台湾40集电视连续剧《雪山飞狐》中一人分饰两个角色，聪明机智的程灵素和娇柔俏丽的冰雪儿，令观众为之着迷。
