主人零是一个没见过什么世面的乡下男孩，所以第一次到东京参加动漫展的他兴奋不已。而这个时候，奇怪的事发生了，当他打开厕所的门走进去后，竟然出现了一个不一样的世界。紧接着零就遭到一位少女追杀，就在他以为死定了的时候，一个绿发少女突然出现并救了零...随后零又陆续遇到了这个世界里的另外3位少女，而且零从SuperSylph口中得知这个世界…

故事四位主角健慕勒、森口和人、麻生華奈及桑未來是一群據有AI超能力的少年戰鬥員，他們所駕駛的Run=Dim 機器人在正邪兩方衝徒的關鍵時刻，肩負起捍衛地球的神聖使命。然而在整個訓練與戰鬥的過程中，歷經了種種的考驗與挫折，也突破了彼此間矛盾的心結，在通過層層關卡後，他們深知自己背負著維護世界和平的使命。