ある暑い夏、鬼太郎の元に手紙が届いた。手紙の主は川村メグミという少女だった。彼女の父親は植物学者でバルル島にいるというが、ある日行方不明になったという。バルル島に着いた鬼太郎は村人から詳細を聞き出す。ジャングルに向かい、キジムナーと対決。しかし、アカマタに妖気を奪われ、捕らえられてしまった。南方妖怪は日本人に怒っていた…

妖怪信箱中新到了一封来自女孩风祭华的求救信。最近，她的周遭连续发生奇怪事件。在鬼太郎一行赶到前，华被妖怪镜爷拖进了镜子里。接着镜爷又把鬼太郎的同伴分散吹到了全国各处，并将鬼太郎关进了镜中世界。鬼太郎历尽艰辛才从镜中世界里逃了出来。远古时阎魔大王封印的野斗神觉醒了，他拥有凌驾于一切妖怪之上的强大力量。而风祭华正掌握着野斗…

明治の世。坊ちゃんは親ゆずりの無鉄砲で気性が激しく、まがったことは大きらいの熱血漢だ。東京物理学校を卒業した坊ちゃんは、数学の中学教師として四国・松山へと赴任していった。タヌキのようにずるそうな校長、にやけた教頭の”赤シャツ”おベンチャラ画学教師の野ダイコ、そして豪快数学教師の”山嵐”であった。そんなある日、坊ちゃんは…