故事发生在大约是在2010年初秋的时候。下午6时左右，东京湾上空突然出现了不明生命体并且以时速20KM的速度向着涩谷区上空移动。怪物的形态象墨鱼，身长272M，容易让人认为是海里产生的生命体，防卫厅向接受委托任务的民间特殊部队‘Altamira代理部’下达了军事出动的命令。主人公船贝乙夜从正在进行机器人操纵训练的少女们中间挑选着能够完成任…