- 吉布森镇是个奇怪的地方，这里住了许多退休的马戏团成员，他们大多长相古怪，其中有一个叫做鳄鱼人奇人，被一种东西攻击而死。史卡利看着鳄鱼人的照片，真没想到有人会这样奇特的过一生，他们来到吉布森镇，参加鳄鱼人的葬礼，当场就状况百出。当地的警长吉姆告诉他们，虽然外界觉得他们是怪物，但他们其实都是正常人，该改变的是人们的眼光与想…
- 乔治柯恩斯检举鸡工厂不卫生，结果他失踪了，史卡利与穆德前去调查。工厂一切运作正常，主管杰西豪反应，有问题的只有柯恩斯而已。正在他们要离开始，一名员工宝拉发疯了夹持杰西，结果被陪同的警长开枪打死，宝拉已经生病一段日子了，柯恩斯也有相同的病情，她的祖父伽可先生正是这家工厂的老板。穆德与史卡利拜访伽可先生，请求能解剖尸体，伽…
- 遭受枪击的杜恩（Steve Railsback 饰）被送往医院接受治疗，不久后逃脱，并将斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）劫持。这令穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）焦急万分。杜恩行车途中枪杀警察，警车监控录像记录下一切。穆德从录像中得知斯科莉生命无忧，遂于克莱区克（Nicholas Lea 尼古拉斯•李 饰）往天山方向追踪…
- 昏迷不醒的斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）出现在乔治敦医疗中心，得知消息的穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉的家人急忙赶来。由于不知病因，医生建议停止辅助设备，让斯科莉自然死亡。孤枪侠则发现斯科莉的免疫系统已被破坏，生还无望。愤怒的穆德决心找出幕后黑手，弄清真相。斯科莉的血液样本一度被盗，幸亏X人…
- 生产牛只的葛林镇，忽然有高中生被绑架，后来又被释回，他们不记得任何事情，只感到害怕。背后都被写上了「他是一个」的字句。当地警长指出，有一个奇怪的教会组织「红色博物馆」在其中做怪，主持人奥丁，在这里买了农场，却不吃肉而吃素，穆德认为他们是相信灵魂转移的信徒，可以以灵魂去影响别人。穆德与史卡利拜访其中一名受害者盖瑞。他感到…
- 一名男子道尼费斯特，对女性的头发与指甲有着不寻常的恋物癖，他喜欢在殡仪馆里偷死人的头发或者是去盗墓。由于坟墓被挖，当地调查员找穆德与史卡利帮忙，穆德很清楚这不是灵异事件，而是人为，史卡利则显然被人心的黑暗面给吓坏了，但为了不让穆德耽心，她努力地维持自己的情绪，穆德则乘机拉史卡利去看球赛。费斯特找了个新工作送货，并随时寻…
- 一间老人院，发生护士被强暴的事件，这名护士一状告了联邦政府，但没有人相信她的说词，因为她指出强暴她的人是隐形的老人赫尔亚顿，但他更本没有能力做这种事。史卡利很同情这名护士，但他们找不出任何证据，可以证实护士的说法，院长指出，老人院专攻老年痴呆病人，但是穆德觉得他们的病人都很有精神，一点也没有痴呆的现象，院长指出，那是因…
- 镇上忽然发生疯狂的杀人事件，同一时间女警官 BJ 玛洛与上司提尔曼有染，怀有身孕，她在幽会的汽车旅馆里，忽然感到不适，跑到荒野中，挖出了一具尸体。这具尸体被证实为失踪多年的调查员钱尼。当时他正在追查一件 1942 年的连续杀人案件，玛洛因为不想让人家知道外遇的事，说了谎，但史卡利以女人的直觉还是猜到这是怎么回事。1942 年，死了…
- 火山研究队伍求救，中心利用遥控机器人「走火人」发现有人死在火山口里。旁边有其它的阴影移动。由于火山研究的经费庞大，为避免意外传出去会有经费上的影响，计画主持人之一皮尔斯请求非正式管道的Χ档案帮忙，史卡利重新归队工作，穆德希望她不要太辛苦，但史卡利坚持投入工作。他们三人坐直升机抵达现场，穆德与史卡利发现研究设施被破坏的非…
- 一场看似单纯的高中教务会议，结束之后，一群老师居然拜起魔鬼来了。另一方面，四名高中学生，在森林中好玩拜魔鬼，没想到却惹出命案来，一名高中男生死亡。穆德与史卡利来查案，当地警察说，整个镇上都有巫术与魔鬼的传说，但史卡利不相信这种东西，正在跟穆德争论时，忽然下起蟾蜍雨来。他们找到死者所就读的克罗里高中，发现当晚一名同学大卫…
